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什么是自主命题在职研究生，确切的说法应该是自主命题软件工程硕士(MSE)，是国家为鼓励软件行业发展而设立的，目的是为了培养软件工程硕士领域的专业人才，但从实际情况来看，自主命题在职研究生由于报考不要求工作年限、不严格要求相关工作经验、入学考试难度相对较低，毕业通过率高等诸多优势，自设立以来，不仅吸引了IT领域相关人才积极报考，更有来自国有企事业单位人员、政府机关公务员、高等学校和中等职业院校教师、银行金融保险行业从业人员、电视报纸杂志网络媒体从业人员等社会各界人群，已经成为行业覆盖面最广的在职研究生形式之一。

由于是自主命题，所以存在漏洞，　　根据文件规定，自主命题软件工程硕士取消后并入考生所熟知的GCT考试，考试科目同样为语文、数学、英语、逻辑四科。软件工程硕士是工程硕士的40个专业领域之一，并入每年10月份组织的在职人员攻读硕士学位全国联考也算是一种回归，结束了软件工程硕士即可参加全国联考又可学校自主命题的双轨制局面，符合教育部关于加强在职研究生招生工作管理的有关精神，考试难度相对之前来讲也自然有所提高。示范性软件学院招收的软件工程领域工程硕士将不进行跨招生单位调剂录取”，并且“各硕士专业学位均不进行跨学位类别或跨专业领域的调剂录取”。再加上GCT成绩一年有效期，这就意味着报考示范性软件学院软件工程硕士将不能进行调剂。